Aziz Nicholaos öldüğünde yapılan kilise veya şapel 529 yılındaki zelzelede yıkılınca daha büyük belki de bazilika tipinde bir kilise yapılmıştır. Peschlow, büyük apsisin güney tarafında eşit apsisli iki küçük mekân ile bugünkü binanın kuzey yan nefinin büyük kısmının bu ilk yapıya ait olduğunu tahmin etmektedir. Bu kilise VIII. yüzyılda zelzele veya Arap akınlarıyla yıkılmış, daha sonra tekrar yenilenmiştir. 1034 yılında Arap donanmasının denizden yaptığı akınlarla harap olmuştur. On yıl harap durumda kalan kilisenin 1042’de Bizans İmparatoru IX. Konstantin Monomakhos ve eşi Zöe tarafından tamir ettirildiği kitabesinden anlaşılmaktadır. XII. yüzyılda binaya bazı ekler yapılmış, kilise tekrar onarılmıştır.